Criado em laboratório a partir do DNA do mítico Mew, o poderoso Mewtwo revolta-se contra os humanos e busca dominar o mundo. Ele atrai os melhores treinadores, incluindo Ash, Misty e Brock, para a Ilha Nova com o objetivo de clonar seus Pokémon e criar um exército imbatível, levando a um confronto lendário entre o clone e o original.