Ash e Pikachu viajam para Alto Mare, uma belíssima cidade aquática. Lá, eles conhecem os lendários e guardiões Pokémon Latios e Latias. No entanto, a paz da cidade é ameaçada quando duas ladras da Equipe Rocket tentam roubar a Joia da Alma para controlar uma poderosa máquina antiga.