Durante uma missão para capturar um ninja renegado chamado Mukade, Naruto Uzumaki é tragado por um poderoso fluxo de chakra emitido pelas ruínas da antiga cidade de Roran. Ele é enviado 20 anos ao passado, onde conhece a rainha Sara e o Quarto Hokage (Minato Namikaze), unindo forças com eles para impedir que um plano perigoso altere o rumo da história.