À beira de uma Quarta Grande Guerra Ninja, ninjas detentores de Kekkei Genkai começam a desaparecer misteriosamente das vilas ocultas. Quando Kakashi Hatake misteriosamente abandona Konoha sob ordens veladas para evitar um conflito global, Naruto e seus amigos partem em uma jornada desesperada para salvá-lo e impedir os planos de um antigo ninja renegado.