Após dois anos e meio de treinamento intenso com Jiraiya, Naruto Uzumaki retorna à Vila Oculta da Folha para reencontrar seus velhos amigos. Agora mais maduro e forte, ele enfrenta a iminente ameaça da misteriosa e perigosa organização criminosa Akatsuki, que busca extrair as poderosas Bestas de Cauda para concretizar seus planos sombrios.